Por énfasis se entiende una unidad de carácter académico-administrativo dentro del DIE. Su principal función es contribuir a la regulación de los procesos de formación de todos los estudiantes de los diferentes grupos de investigación que convergen en el énfasis y le dan soporte, que con diferencia de enfoque, tienden a la construcción de formas alternativas de comprender y actuar sobre un objeto o problema de investigación. A continuación, el Doctorado Interinstitucional en Educación, de la Universidad Pedagógica Nacional presenta los Énfasis y Grupos de Investigación que conforman el programa doctoral: